Temperaturen stiger med ca. 30 grader pr. kilometer, når man borer ned gennem den danske undergrund. Den indeholder derfor store mængder energi i form af jordvarme (geotermisk varme). For at udnytte den geotermiske varme handler det i princippet om at bore to dybe huller det helt rigtige sted, det vil sige mellem en til tre kilometers dybde. Fra det ene hul oppumpes varmt vand med en vandtemperatur på for eksempel 73 grader som på Margretheholm, og ved hjælp af varmepumpe trækkes varmen ud af vandet, så det får en temperatur på 17 grader.
Den opsamlede varme fra vandet overføres derefter ved hjælp af en varmeveksler til forbrugeren via fjernvarmenettet. Til sidst pumpes det lunkne vand tilbage ned gennem det andet hul, som ligger halvanden kilometer fra det første hul for at holde trykket oppe i sandstenslagene. Dermed er cirklen sluttet.
Anlægget på Margretheholm er ikke i drift i sommerperioden, hvor overskudsvarme fra affaldsforbrændingen er nok til at opfylde fjernvarmebehovet.
